No ano letivo 1994/95, com a inauguração da EB123 de Rio Maior (atual escola sede), que incluía no mesmo edifício escolar os três ciclos do Ensino Básico, iniciou-se a integração e articulação entre os diferentes ciclos do ensino básico.

Em 2003/2004 é criado o Agrupamento de Escolas Marinhas do Sal, em que juntava a EB123 a algumas escolas do 1º ciclo e pré-primárias do concelho.

Em 2007/2008 faz-se a junção do então “Agrupamento Vertical de Alcobertas”, alargando a área de influência e o número de estabelecimentos escolares do agrupamento.

Em 2009/2010 inauguraram-se os Centros Escolares de Alcobertas e de Rio Maior numa tentativa de acabar com o isolamento e situações de falta de condições em vários estabelecimentos.

O Agrupamento de Escolas Marinhas do Sal, Rio Maior, tem sofrido evoluções estruturais, ao longo dos seis anos da sua existência, na sua maioria relacionadas com alterações importantes ao nível do funcionamento do 1º Ciclo e do Pré-escolar.